1. Керівництво КЗ "Вовчанський МРЦ" здійснює директор Старосільський Микола Іванович , повноваження якого визначаються законом, статутом закладу освіти та трудовим договором.

2. Колегіальним органом управління закладу загальної середньої освіти є педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом «Про освіту» і статутом закладу освіти.

Педагогічна рада закладу загальної середньої освіти:

• планує роботу закладу;
• схвалює освітню програму закладу та оцінює результативність її виконання;
• формує систему та затверджує процедури внутрішнього забезпечення якості освіти, включаючи систему та механізми забезпечення академічної доброчесності;
• розглядає питання щодо вдосконалення і методичного забезпечення освітнього процесу;
• приймає рішення щодо переведення учнів (слухачів) до наступного класу і їх випуску, видачі документів про відповідний рівень освіти, нагородження за успіхи у навчанні;
• обговорює питання підвищення кваліфікації педагогічних працівників, розвитку їхньої творчої ініціативи, визначає заходи щодо підвищення кваліфікації педагогічних працівників, затверджує щорічний план підвищення кваліфікації педагогічних працівників;
• розглядає питання впровадження в освітній процес найкращого педагогічного досвіду та інновацій, участі в дослідницькій, експериментальній, інноваційній діяльності, співпраці з іншими закладами освіти, науковими установами, фізичними та юридичними особами, які сприяють розвитку освіти;
• ухвалює рішення щодо відзначення, морального та матеріального заохочення учнів (слухачів), працівників закладу та інших учасників освітнього процесу;
• розглядає питання щодо відповідальності учнів (слухачів), працівників закладу та інших учасників освітнього процесу за невиконання ними своїх обов’язків;
• має право ініціювати проведення позапланового інституційного аудиту закладу та проведення громадської акредитації закладу;
• розглядає інші питання, віднесені законом та/або статутом закладу до її повноважень.

3. У КЗ "Вовчанський МРЦ"  діють:

• органи самоврядування працівників закладу освіти;
• органи самоврядування здобувачів освіти;
• органи батьківського самоврядування;

Вищим колегіальним органом громадського самоврядування закладу загальної середньої освіти є загальні збори (конференція) колективу закладу освіти.

4. У КЗ "Вовчанський МРЦ"  функціонує методична комісія, що охоплює учасників освітнього процесу та спеціалістів певного професійного спрямування.